Ο ρόλος της Αφροδίτης και στην Αργοναυτική εκστρατεία υπήρξε αποφασιστικός.

Ο ρόλος της Αφροδίτης και στην Αργοναυτική εκστρατεία υπήρξε αποφασιστικός. Με την παρέμβασή της, η Μήδεια, η βασιλοπούλα της Κολχίδας, ερωτεύτηκε παράφορα τον Ιάσονα. Για να τον βοηθήσει να πραγματοποιήσει όλους τους δύσκολους άθλους που του έβαζε ο πατέρας της, κατασκεύασε μια μαγική αλοιφή και του τη χάρισε. Μ' αυτήν ο Ιάσονας έγινε ατρόμητος και άρπαξε το χρυσόμαλλο δέρμα. Η Μήδεια ακολούθησε τον εραστή της στην Ελλάδα.

Και σε άλλες στιγμές της εκστρατείας υπήρξε παρέμβαση της θεάς. Όταν οι Αργοναύτες πέρασαν από το νησί των Σειρήνων, τους έσωσε ο Ορφέας παίζοντας με τη λύρα του. Μόνο ο Βούτης, ένα πολύ γενναίο παλικάρι, δεν κατάφερε ν' αντισταθεί στη γοητεία των Σειρήνων και βούτηξε στη θάλασσα για να φτάσει στο νησί τους. Τη στιγμή που πλησίαζε και οι μαγεύτρες τραγουδίστριες ήταν έτοιμες να τον σκοτώσουν, η Αφροδίτη τον άρπαξε και τον μετέφερε σ' ένα ακρωτήρι της Σικελίας.